许(xǔ)多(duō)现(xiàn)有(yǒu)的(de)SARS-CoV-2毒(dú)株(zhū)，以(yǐ)及(jí)未(wèi)来(lái)可(kě)能(néng)出(chū)现(xiàn)的(de)其(qí)他(tā)变(biàn)体(tǐ)，有(yǒu)可(kě)能(néng)在(zài)部(bù)分(fēn)人(rén)群(qún)中(zhōng)逃(táo)脱(tuō)免(miǎn)疫(yì)系(xì)统(tǒng)的(de)细(xì)胞(bāo)毒(dú)性(xìng) T 细(xì)胞(bāo)反(fǎn)应(yīng)。这(zhè)是(shì)西(xi)班(bān)牙(yá)卡(kǎ)洛(luò)斯(sī)三(sān)世(shì)健(jiàn)康(kāng)研(yán)究(jiū)所(suǒ)的(de) Antonio Martín-Galiano 及(jí)其(qí)同(tóng)事(shì)于(yú) 2025年(nián) 2 月(yuè) 10日(rì)在(zài)PLOS 计(jì)算(suàn)生(shēng)物(wù)学(xué)上(shàng)发(fā)表(biǎo)的(de)一(yī)项(xiàng)新(xīn)建(jiàn)模(mó)研(yán)究(jiū)的(de)结(jié)论(lùn)。
人类的 T 细胞反应是由 HLA 分子遗传编码的——这意味着不同的个体(tǐ)具(jù)有(yǒu)不(bù)同(tóng)的(de) HLA，它(tā)们(men)被(bèi)编(biān)程(chéng)为(wèi)根(gēn)据(jù)病(bìng)原(yuán)体(tǐ)的(de)不(bù)同(tóng)部(bù)分(fēn)或(huò)“表(biǎo)位(wèi)”识(shi)别(bié)入侵的病原体。由于人群中有数千种不同的 HLA 分子和任何给定病毒中的数千种可能的表位，因此对每个人类 HLA 等位基因对每种病毒变体的免疫反应的实验评估是不可行的(de)。然(rán)而(ér)，计(jì)算(suàn)方(fāng)法(fǎ)可(kě)以(yǐ)促(cù)进(jìn)这(zhè)项(xiàng)任(rèn)务(wu)。
在(zài)这项新研究中，研究人员首先确定了来自中(zhōng)国(guó)武(wǔ)汉(hàn)的(de) SARS-CoV-2 原始参考株的全套表位。该团队发现了 1,222 个与主要 HLA 亚型相关的 SARS-CoV-2 表位，覆盖了约 90% 的人口；基于这 1,222 个表位，每 10 人中至少有 9 人可以对COVID-19发起 T 细胞反应。
世界地图表明存在携带 A*74 家族等位基因的群体样本以及这些家族具有逃逸突变的分离物（绿色圆圈）。图片来源：Foix A 等人，2025，PLOS 计算生物学，CC-BY 4.0
然(rán)后(hòu)，研(yán)究(jiū)人(rén)员(yuán)通(tōng)过(guò)计(jì)算(suàn)分(fēn)析(xī)了(le)国(guó)家(jiā)生物技术信息中心 (NCBI) 数据集中描述的来自世界各地的 118,000 种不同的 SARS-CoV-2 分离株中的任何一种是否在这些表位中发生突变。他们表明，47% 的表位在至少一种现有分离物中发生了突变。在某些情况下，现有分离株在多个(gè)表(biǎo)位(wèi)区(qū)域发(fā)生(shēng)突(tū)变(biàn)，但(dàn)累(lèi)积(jī)突(tū)变(biàn)从(cóng)未(wèi)影(yǐng)响(xiǎng)任(rèn)何(hé)给(gěi)定(dìng) HLA 等(děng)位(wèi)基(jī)因(yīn)类(lèi)型(xíng)超(chāo)过(guò) 15% 的(de)表(biǎo)位(wèi)。当(dāng)研(yán)究(jiū)小(xiǎo)组(zǔ)分(fēn)析(xī)易(yì)感(gǎn)等(děng)位(wèi)基(jī)因(yīn)及(jí)其(qí)各(gè)自(zì)逃(táo)逸(yì)分(fēn)离(lí)物(wù)的(de)地(de)理(lǐ)起(qǐ)源(yuán)时(shí)，研(yán)究(jiū)小(xiǎo)组(zǔ)发(fā)现(xiàn)它(tā)们(men)在(zài)一(yī)些(xiē)地(de)理(lǐ)区(qū)域共(gòng)存(cún)——包(bāo)括(kuò)撒(sā)哈(hā)拉(lā)以(yǐ)南(nán)非(fēi)洲(zhōu)和(hé)东(dōng)亚(yà)和(hé)东(dōng)南(nán)亚(yà)——这(zhè)表(biǎo)明(míng)对(duì)细(xì)胞(bāo)毒(dú)性(xìng) T 细(xì)胞(bāo)反(fǎn)应(yīng)的(de)潜(qián)在(zài)遗(yí)传(chuán)压(yā)力(lì)在(zài)这(zhè)些(xiē)领(lǐng)域。
作者说：“独立分离株中这些变化的积累仍然太低，不足以威胁到全球人口。” “我们的方案已经确定了可能与特定人群相关的突变，并需要进行更深入的监测。”
然而，Martín-Galiano 指出，“未被注意到的 SARS-CoV-2 突变”可能在未来“威胁到人类亚群的细胞毒性 T 反应”。
参考文献(xiàn)：Anna Foix、Daniel López、Francisco Díez-Fuertes、 Michael J. McConnell 和(hé) Antonio J. Martín-Galiano撰(zhuàn)写(xiě)的(de)“病(bìng)毒(dú)突(tū)变(biàn)景(jǐng)观(guān)对(duì) SARS-CoV-2 细(xì)胞(bāo)毒(dú)性(xìng)反(fǎn)应(yīng)的(de)预(yù)测(cè)影(yǐng)响(xiǎng)”， 2025 年(nián) 2 月 10 日(rì)，公(gōng)共(gòng)科(kē)学(xué)图(tú)书(shū)馆(guǎn)计(jì)算(suàn)生(shēng)物(wù)学(xué)。
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009726
资金：这项研究得到了 ISCIII 的 Acción Estratégica en Salud 的支持，授予 MPY 380/18（给 MJM）、388/18（给 DL）和 509/19（给 AJM-G）。AJM-G 获得了 ISCIII 的 Miguel Servet 合同。资助者在研究设计、数据收集和分析、发表决定或手稿准备方面没有任何作用。